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6.3. File management
ΒΆ
6.3.1. Sorting
6.3.1.1.
sort-bed
6.3.1.1.1. Inputs and outputs
6.3.1.1.1.1. Input
6.3.1.1.1.2. Output
6.3.1.1.2. Usage
6.3.2. Compression
6.3.2.1.
starch
6.3.2.1.1. Inputs and outputs
6.3.2.1.1.1. Input
6.3.2.1.1.2. Output
6.3.2.1.2. Requirements
6.3.2.1.3. Usage
6.3.2.1.4. Options
6.3.2.1.4.1. Backend compression type
6.3.2.1.4.2. Note
6.3.2.1.4.3. Headers
6.3.2.1.4.4. Unique tag
6.3.2.1.5. Example
6.3.2.2.
unstarch
6.3.2.2.1. Inputs and outputs
6.3.2.2.1.1. Input
6.3.2.2.1.2. Output
6.3.2.2.2. Requirements
6.3.2.2.3. Usage
6.3.2.2.3.1. Extraction
6.3.2.2.3.2. Archive attributes
6.3.2.2.3.2.1. Metadata
6.3.2.2.3.2.2. Note
6.3.2.2.3.2.3. Timestamp
6.3.2.2.3.2.4. Compression type
6.3.2.2.3.2.5. Version
6.3.2.2.3.3. Whole-file or per-chromosome attributes
6.3.2.2.3.3.1. Elements
6.3.2.2.3.3.2. Bases
6.3.2.2.3.3.3. Duplicate element(s)
6.3.2.2.3.3.4. Nested element(s)
6.3.2.2.4. Example
6.3.2.3.
starchcat
6.3.2.3.1. Parallelization
6.3.2.3.2. Inputs and outputs
6.3.2.3.2.1. Input
6.3.2.3.2.2. Output
6.3.2.3.3. Usage
6.3.2.3.3.1. Example
6.3.2.4. Starch (v2.x) specification
6.3.2.4.1. Archive structure
6.3.2.4.2. Magic bytes
6.3.2.4.3. Chromosome streams
6.3.2.4.4. Metadata
6.3.2.4.4.1. Data
6.3.2.4.4.1.1. Archive
6.3.2.4.4.1.2. Streams
6.3.2.4.4.2. Offset
6.3.2.4.4.3. Hash
6.3.2.4.5. Padding
6.3.3. Data conversion
6.3.3.1.
convert2bed
6.3.3.1.1. Dependencies
6.3.3.1.2. Source
6.3.3.1.3. Usage
6.3.3.1.4. Example
6.3.3.2.
bam2bed
6.3.3.2.1. Dependencies
6.3.3.2.2. Source
6.3.3.2.3. Usage
6.3.3.2.4. Example
6.3.3.2.5. Column mapping
6.3.3.2.6. Downloads
6.3.3.3. Parallel
bam2bed
6.3.3.3.1. Dependencies
6.3.3.3.2. Source
6.3.3.3.3. Usage
6.3.3.4. Parallel
bam2starch
6.3.3.4.1. Dependencies
6.3.3.4.2. Source
6.3.3.4.3. Usage
6.3.3.5.
gff2bed
6.3.3.5.1. Dependencies
6.3.3.5.2. Source
6.3.3.5.3. Usage
6.3.3.5.4. Example
6.3.3.5.5. Column mapping
6.3.3.5.6. Downloads
6.3.3.6.
gtf2bed
6.3.3.6.1. Dependencies
6.3.3.6.2. Source
6.3.3.6.3. Usage
6.3.3.6.4. Example
6.3.3.6.5. Column mapping
6.3.3.6.6. Downloads
6.3.3.7.
gvf2bed
6.3.3.7.1. Dependencies
6.3.3.7.2. Source
6.3.3.7.3. Usage
6.3.3.7.4. Example
6.3.3.7.5. Column mapping
6.3.3.7.6. Downloads
6.3.3.8.
psl2bed
6.3.3.8.1. Dependencies
6.3.3.8.2. Source
6.3.3.8.3. Usage
6.3.3.8.4. Example
6.3.3.8.5. Column mapping
6.3.3.8.6. Downloads
6.3.3.9.
rmsk2bed
6.3.3.9.1. Dependencies
6.3.3.9.2. Source
6.3.3.9.3. Usage
6.3.3.9.4. Example
6.3.3.9.5. Column mapping
6.3.3.9.6. Downloads
6.3.3.10.
sam2bed
6.3.3.10.1. Dependencies
6.3.3.10.2. Source
6.3.3.10.3. Usage
6.3.3.10.4. Example
6.3.3.10.5. Column mapping
6.3.3.10.6. Downloads
6.3.3.11.
vcf2bed
6.3.3.11.1. Dependencies
6.3.3.11.2. Source
6.3.3.11.3. Usage
6.3.3.11.4. Customized variant handling
6.3.3.11.5. Example
6.3.3.11.6. Column mapping
6.3.3.11.7. Downloads
6.3.3.12.
wig2bed
6.3.3.12.1. Source
6.3.3.12.2. Usage
6.3.3.12.3. Example
6.3.3.12.4. Downloads
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